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Le laboratoire Pe’er associe des algorithmes d’apprentissage automatique à des technologies de profilage spatial et de cellule unique pour trouver réponse à des questions fondamentales dans le domaine des sciences biomédicales. En 2005, Pe’er a créé des méthodes d’analyse à grande échelle dans le domaine de la cellule unique, en partant du principe que la variabilité intercellulaire peut servir à reconstruire le mode de régulation des gènes. Son groupe a conçu un cadre conceptuel et mathématique pour modéliser tous les états cellulaires possibles à l’intérieur des tissus le long de variétés géométriques. Ils ont mis au point des méthodes fondamentales pour repérer et visualiser les types et les états cellulaires, et ont démontré qu’il est possible de déduire les transitions continues des états cellulaires, ou trajectoires, que les cellules entreprennent dans les processus de développement et de maladie. Le laboratoire applique ses méthodes computationnelles à l’étude de questions importantes dans les domaines du cancer, de l’immunologie et du développement, comme la manière dont les cellules décident de leur destin, la régulation de l’identité et du comportement des cellules, le rôle de la plasticité dans l’homéostasie et la maladie, et la manière dont les divers types cellulaires se comportent de manière coordonnée dans les tissus.

Prix

  • Prix d’innovation, Société internationale de biologie computationnelle (ISCB)
  • Prix commémoratif Ernst W. Bertner, Centre de cancérologie MD Anderson
  • Prix de pionnière, directeur des NIH
  • Prix Overton, Société internationale de biologie computationnelle (ISCB)
  • Bourse Packard en sciences et génie, Fondation David et Lucile Packard

Publications Pertinentes

  • Bendall SC*, Davis KL*, Amir el-AD*, Tadmor MD, Simonds EF, Chen TJ, Shenfeld DK, Nolan GP†, Pe'er D†. Single-cell trajectory detection uncovers progression and regulatory coordination in human B cell development. Cell. 24 avril 2014;157(3):714-25. doi: 10.1016/j.cell.2014.04.005. PMID: 24766814.
  • Azizi E*, Carr AJ*, Plitas G*, Cornish AE*, Konopacki C, Prabhakaran S, Nainys J, Wu K, Kiseliovas V, Setty M, Choi K, Fromme RM, Dao P, McKenney PT, Wasti RC, Kadaveru K, Mazutis L, Rudensky AY†, Pe'er D†. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell. 23 août 2018;174(5):1293-1308.e36. doi: 10.1016/j.cell.2018.05.060. PMID: 29961579.
  • Nowotschin S*, Setty M*, Kuo YY, Liu V, Garg V, Sharma R, Simon CS, Saiz N, Gardner R, Boutet SC, Church DM, Hoodless PA, Hadjantonakis AK†, Pe'er D†. The emergent landscape of the mouse gut endoderm at single-cell resolution. Nature. Mai 2019;569(7756):361-367. doi:10.1038/s41586-019-1127-1. PMID: 30959515.

institut

Institut Sloan Kettering

Département

Programme de biologie computationnelle et des systèmes

Éducation

  • Ph.D. (biologie computationnelle), Université hébraïque
  • M.Sc. (informatique), Université hébraïque
  • B.Sc. (mathématiques), Université hébraïque

Pays

États Unis

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