L’avenir du microbiome en santé publique

Par: Johnny Kung

29 Juil, 2019

29 juillet 2019

Les progrès rapides de la recherche sur le microbiome humain génèrent de nouvelles connaissances à propos du rôle des microorganismes sur le développement et le vieillissement en santé de notre corps. Ils permettent également de faire la lumière sur la façon dont des facteurs comme le régime alimentaire et l’environnement bâti façonnent notre microbiome et ont des conséquences potentielles à long terme sur notre santé. Des conversations intersectorielles entre les chercheurs qui étudient le microbiome et les responsables de la santé publique peuvent contribuer à l’intégration de ces nouvelles données probantes dans notre système de santé, tout en permettant de cibler les domaines où d’autres recherches sont nécessaires.

Le 1^er mai 2019, les membres du programme Microbiome humain du CIFAR ont participé à une table ronde interactive dans le cadre de Santé publique 2019, la conférence annuelle de l’Association canadienne de santé publique. Les panélistes ont fait part de leurs idées sur la façon dont le microbiome humain façonne la santé et la maladie tout au long de la vie, ainsi que sur les conséquences de l’évolution des pratiques sociétales et culturelles sur le microbiome et, du même coup, sur la santé. Au cours de discussions avec les participants à la séance, ils ont exploré comment les nouvelles données probantes peuvent orienter l’élaboration de programmes, de pratiques et de politiques clés en santé publique.

Résultats clés

On estime que 50 % des cellules du corps humain sont des microorganismes, qui comptent probablement 150 fois plus de gènes microbiens que de gènes humains. Ce groupe de génomes microbiens (c.-à-d. le microbiome) peut être transformé, ce qui représente un moyen de modifier les maladies chez les humains. Alors que la santé publique s’est traditionnellement concentrée sur les dangers des microbes pathogènes, il est intéressant de noter que moins de 1 % des bactéries associées aux humains sont pathogènes et que plusieurs d’entre elles ne sont pas nécessairement nuisibles.
Les antibiotiques sont des médicaments essentiels qui ont sauvé des millions de vies, mais leur utilisation à long terme a des conséquences sur la santé, notamment l’émergence de la résistance aux antimicrobiens. De plus en plus d’études menées sur des modèles animaux et des populations humaines montrent que l’utilisation d’antibiotiques dès l’enfance est associée à une augmentation des maladies chroniques comme l’obésité.
Les microbes dans notre corps favorisent « l’entraînement » de notre système immunitaire. L’hypothèse de l’hygiène suggère que la prévalence accrue des allergies et des maladies inflammatoires dans les sociétés occidentales pourrait être le résultat d’une exposition réduite des jeunes enfants à une diversité de microorganismes. Comparativement aux populations urbaines occidentales, les communautés ayant un mode de vie « non occidental » ont tendance à avoir un microbiome plus diversifié et un taux de maladies chroniques généralement moins élevé.
Notre environnement bâti peut avoir des répercussions sur la diversité de notre microbiome et sur notre santé. Par exemple, dans les économies occidentales, les gens passent 90 % ou plus de leur vie quotidienne à l’intérieur, contrairement à la plupart des gens dans l’histoire de l’humanité. Les chercheurs tentent de déterminer quels aspects de l’environnement des populations non occidentales, comme les communautés de chasseurs-cueilleurs, pourraient jouer un rôle dans l’établissement de microbiomes sains.
La naissance par le vagin donne aux bébés leur premier ensemble de microorganismes. Ces derniers sont en grande partie nécessaires pour métaboliser certains composants du lait maternel, qui autrement sont indigestes pour l’humain. Il existe des différences entre les microbiomes des bébés nés par accouchement vaginal et par césarienne ; dans ce dernier cas, le microbiome peut être modifié grâce à des prélèvements de la flore microbienne vaginale. Toutefois, la mise en pratique de cette technique à grande échelle demeure controversée.
De la naissance à l’âge de trois ans, le nombre et la diversité de la population du microbiote intestinal augmentent considérablement, ce qui est important pour l’avenir de l’enfant. C’est pendant cette période que le développement de la communauté microbienne intestinale est le plus malléable et que des facteurs comme l’environnement bâti et l’utilisation d’antibiotiques ont les effets les plus importants. Par la suite, le microbiome a tendance à se stabiliser, sauf lors de maladie, de changement de régime alimentaire, de voyage ou de grossesse.
La diversité microbienne tend à diminuer avec l’âge. Les personnes qui développent des affections liées au vieillissement comme la maladie d’Alzheimer ou de Parkinson présentent des changements particuliers du microbiome, mais cette corrélation doit faire l’objet d’études plus poussées pour être utile sur le plan clinique et servir à prédire ou à traiter la maladie.
Notre régime alimentaire, c’est-à-dire le type d’aliments que nous mangeons, l’heure à laquelle nous prenons nos repas et les probiotiques que nous consommons, a d’importantes répercussions sur la composition et le fonctionnement de notre microbiote intestinal. Toutefois, les réactions aux facteurs alimentaires varient d’un individu à l’autre et peuvent être influencées par sa propre diversité microbienne.
Les microorganismes de l’intestin font partie d’un « axe intestin-cerveau » qui peut agir sur la santé mentale. Ils produisent des métabolites qui ressemblent beaucoup aux neurotransmetteurs et qui peuvent avoir des effets sur le système nerveux central. Les études chez les rongeurs suggèrent que des comportements comme ceux liés à l’anxiété sont fortement influencés par les métabolites microbiens, mais ces effets sont difficiles à étudier chez les humains.

Priorités et prochaines étapes

Bien que les chercheurs aient répertorié un grand nombre de souches microbiennes dans notre corps et découvert un certain nombre de corrélations avec la santé et la maladie, une compréhension mécaniste du fonctionnement de chaque souche et de ses interactions avec les autres permettra d’orienter les futures interventions cliniques sur le microbiome.
La plupart des recherches actuelles sur le microbiome portent sur les bactéries. Le rôle d’autres organismes comme les virus (y compris les bactériophages qui parasitent les bactéries), les champignons et les vers est en voie de devenir un sujet important de recherche.
Les microorganismes peuvent être une voie par laquelle les facteurs environnementaux, les déterminants sociaux et les inégalités conditionnent les résultats en matière de santé. Le microbiome peut donc constituer un moyen simple et peu coûteux de s’attaquer à certaines disparités en santé.

Panélistes

Eran Elinav, Institut Weizmann des sciences / CIFAR
Corinne Maurice, Université McGill / CIFAR
Melissa Melby, Université du Delaware / CIFAR

Lectures complémentaires

Le microbiome humain et la santé publique : soutenir un développement et un vieillissement en santé (compte rendu d’événement)
Microbiome et santé humaine (compte rendu d’événement)
Personalized Gut Mucosal Colonization Resistance to Empiric Probiotics Is Associated with Unique Host and Microbiome Features (publication récente du laboratoire de Eran Elinav)
L’antibiothérapie pendant la petite enfance peut accélérer l’apparition du diabète insulinodépendant chez la souris (résumé de recherche)
Découverte d’une levure intestinale en lien avec l’asthme (nouvelle sur une récente recherche du laboratoire de Brett Finlay, codirecteur du programme Microbiome humain)
Q-R : Let Them Eat Dirt (entrevue avec Brett Finlay sur son livre publié en 2016)

Pour de plus amples renseignements, communiquez avec : Amy Cook, Directrice principale, mobilisation du savoir.

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